Indsamling af egne tomatfrø er en fordelagtig praksis, og det anbefales at foretage det løbende, snarere end kun ved høst af de sidste frugter. Det gælder især for ældre, såkaldt frøkonstante sorter – dvs. sorter, der gennem generationer har vist en stabil frøproduktion.
Selvom der lejlighedsvis kan forekomme krydsninger forårsaget af insekter, er dette sjældent, og det er usandsynligt. Modsat er det umuligt at udvinde frø fra moderne F1-hybrider, som er resultatet af krydsninger mellem forskellige tomatarter. Forsøg på at indsamle frø fra disse hybrider resulterer i et tilfældigt udvalg af den genetiske sammensætning, hvilket typisk ikke giver optimale resultater.
Det er derfor en god idé at indsamle frø fra flere tomater af samme sort. Vælg repræsentative eksemplarer, der er fuldt modne. Denne fremgangsmåde sikrer det bedste spirepotentiale i den kommende sæson. Processen involverer følgende trin: Skær tomaterne i stykker og pres kernerne ned i en skål ved hjælp af hænderne.
Fjern eventuelle urenheder. Overfør kernerne sammen med den geléagtige substans, der omgiver dem, til et glas. Mærk glasset tydeligt med sortens navn eller en beskrivende betegnelse. Tilsæt vand, så det dækker kernerne et par centimeter. Lad glassene stå og modne i 5-6 dage. Til sidst si frøene over i en metalrist, skyl dem grundigt og fjern eventuelle rester under rindende vand.
Spred frøene ud på et stykke avispapir, så de ligger enkeltvis. Marker papiret med sortens navn og årstal. Lad papiret tørre i et par dage, indtil det er helt tørt, og pak derefter frøene ind og mærk pakken med sortens navn. Opbevar det hele i flere lag plastikt poser og opbevar dem på et køligt sted eller i køleskabet frem til foråret. Gæringsprocessen efterligner den naturlige proces, hvor frø af frugter og bær gennemgår en fordøjelsesproces i dyrs tarme, før de kan spire.
Tomatfrø kan også spire uden gæring, hvis processen finder sted inde i frugten, hvor den falder, men gæringen øger sandsynligheden for, at frøet er spiredygtigt og samtidig fjerner overfladisk slim.