En sen aften i Surrey samles Albus Dumbledore og Minerva McGonagall, undervisere ved Hogwarts Skole for Heksekunster og Troldmandsskab, sammen med skolens forvalter, Rubeus Hagrid, for at bringe et nyligt forældreløst barn ved navn Harry Potter til hans eneste tilbageværende slægtninge, familien Dursley. Ti år senere lever Harry et vanskeligt liv hos familien, der består af onkel Vernon, tante Petunia og deres bortskemte søn, fætter Dudley.
Efter uforvarende at have forårsaget en mindre hændelse med Dudley under familiens besøg i zoologisk have, begynder Harry at modtage breve adresseret til ham, leveret af ugler. Onkel Vernon forbyder Harry at læse korrespondancen, og da brevene fortsætter med at ankomme i stigende antal, beslutter familien at rejse til en øde ø, hvor de på dagen for Harrys 11 års fødselsdag bliver opsøgt af Hagrid, der afslører for Harry, at han er troldmand og skal gå på Hogwarts, på trods af Dursleys protester.
Efter at have taget Harry med til Diagonalstrædet for at indkøbe fornødenheder til sit første semester på Hogwarts og givet ham uglen Hedvig som fødselsgave, fortæller Hagrid Harry om hans fortid; Harrys forældre, James og Lily Potter, blev dræbt af Dræberforbandelsen fra den onde og mægtige troldmand Lord Voldemort.
På trods af også at være blevet ramt af den samme forbandelse, overlevede Harry mødet med Voldemort, og han blev derfor kendt i troldmandsverdenen som "Drengen, der overlevede". Mens Voldemort mistede alle sine evner ved det mislykkede angreb og efterfølgende forsvandt, pådrog Harry sig blot et ar i panden formet som et lyn. Harry tager til King's Cross Station, hvor han efter at have passeret gennem perron 9¾ stiger på Hogwartsekspressen, hvor han kort efter møder drengen Ron Weasley, som han hurtigt knytter venskab med; Hermione Granger, en yderst intelligent heks med ikke-magiske mugglerforældre; og Draco Malfoy, en dreng fra en anset troldmandsfamilie, som hurtigt bliver Harrys ærkefjende.
Efter ankomsten til skolen samles alle eleverne i Storsalen, hvor førsteårseleverne skal fordeles blandt de fire kollegier; Gryffindor, Hufflepuff, Ravenclaw og Slytherin af Fordelingshatten. Selvom Fordelingshatten overvejer at placere Harry i Slytherin sammen med Draco, bliver han til sidst indplaceret i Gryffindor sammen med Ron og Hermione. På Hogwarts lærer Harry magiske besværgelser og får mere at vide om sin fortid og sine forældre.
Efter at have returneret Gryffindor-elev Neville Longbottoms erindringskugle til ham, bliver Harry optaget på Gryffindors quidditch-hold som søger – en position sjældent besat af en førsteårselev. På vej tilbage til deres kollegieværelse en aften ændrer trapperne pludselig retning og leder Harry, Ron og Hermione til den forbudte korridor på Hogwarts, hvor de i et aflåst rum finder en gigantisk trehovedet hund ved navn Fluffy.
Ron fornærmer efterfølgende Hermione, da hun ydmygede ham under en besværgelsetime, og hun lukker sig inde på pigetoilettet. Hun bliver kort efter angrebet af en stor, løssluppen trold, men Harry og Ron redder hende, og de er nu gode venner. De tre opdager senere, at Fluffy beskytter De Vises Sten, et objekt, der kan forvandle ethvert metal til guld og fremstille en eliksir, der giver evigt liv.
Harry formoder, at eliksirprofessoren og leder af Slytherin-kollegiet, Severus Snape, forsøger at stjæle stenen for at hjælpe Voldemort med at genvinde sin menneskelige form. Hagrid afslører, at han ejer Fluffy, og han kommer til at fortælle de tre, at hunden falder i søvn, hvis man spiller musik for den. Harry, Ron og Hermione beslutter sig for at finde frem til stenen før Snape, og de finder en allerede sovende Fluffy i korridoren og skal igennem en række udfordringer; såsom den dødelige plante Djævleslyngen, et rum fyldt med aggressive flyvende nøgler og et spil troldmandsskak, hvor Ron bliver slået ud.
Efter at have overvundet forhindringerne finder Harry til sin overraskelse læreren i forsvar mod mørkets kræfter, Quirinus Quirrell, at være den, der forsøgte at stjæle stenen, og at Snape har forsøgt at beskytte Harry undervejs. Quirrell fjerner sin turban og afslører, at Voldemort har taget ophold i Quirrells krop og bor i hans baghoved. Takket være en beskyttelsesformel fra Dumbledore opdager Harry, at han har De Vises Sten i sin lomme.
Voldemort forsøger at overtale Harry til at udlevere stenen i bytte for at genoplive Harrys forældre, men han nægter. Quirrell forsøger herefter at dræbe Harry; men dør i stedet, da Harry ved at berøre hans hud får ham til at brænde op og reducerer Quirrell til aske. Ud af asken stiger Voldemorts ånd, og Harry bliver slået bevidstløs, da ånden passerer igennem ham.
Harry vågner op på skolens hospitalsfløj med Dumbledore ved sin side. Dumbledore forklarer, at stenen er blevet ødelagt, og at Ron og Hermione klarede den. Harry, Ron og Hermione bliver for deres heltemodige indsats belønnet med kollegiepoint, og Harry kan vende tilbage til familien Dursley på sommerferie, lykkelig over at have fundet et ægte hjem på Hogwarts.